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联赛阶段欧冠冠军和“欧战积分”排名前8的俱乐部为第一档球队（即种子队），其余27支队伍根据“欧战积分”分为二三四档。每支球队将与4个分档中分别随机抽取的2队共8支球队各进行一场比赛，主客场由抽签决定需保证每支球队有4个主场和4个客场，同马来西亚足球网协会球队不会相遇，每支球队最多只能与来自同一协会的两支球队相遇。淘汰赛每轮比赛均为主客场两回合，如遇不可抗力会安排在中立场地进行比赛；决赛在中立场地进行。淘汰赛附加赛抽签规则：联赛阶段积分9-16的球队为种子队，积分17-24的球队为非种子队，种子队与非种子队进行主客场两回合比赛，非种子队先主后客，优胜者进入16强。1/8决赛抽签规则：联赛阶段积分1-8的球队为种子队，淘汰赛附加赛优胜的8队为非种子队，种子与非种子队进行主客场两回合比赛，非种子队先主后客，优胜者进入8强。

淘汰马来西亚足球网赛 从1/8决赛直到决赛均以主客制两回合进行，若两队在规定时间打成平局，客场进球多的一方将晋级下一轮，否则将会直接以点球决出冠军球队。从2019年赛季开始，决赛改为中立场地举行，采用一场定胜负。巴西的弗拉门戈足球俱乐部在2019赛季决赛中2比1逆转战胜阿根廷豪门河床竞技足球俱乐部，成为决赛改制后的第一届冠军。

旗下顶级联赛未获得欧冠资格顺位最高的俱乐部。 裁判马来西亚足球网规则世界杯上英德大战误判使国际足联做出改革2009/10赛季的欧洲联赛（前身为欧洲联盟杯）中，欧足联试行过了底线裁判制，此后也在欧洲超级杯、法国联赛杯、亚足联主席杯等赛事进行了测试。2010年7月21日，官方正式决议，将在2010/11赛季欧冠联赛中增加两名底线裁判实行五裁判执法制度，以求减少绿茵场上泛滥成灾的误判错误。比赛大部分时间底线裁判站在球